根据章程规定，江苏省外商投资企业协会最高权力机构是会员代表大会。会员代表大会每五年召开一次，会员代表大会负责制定和修改章程，选举和罢免理事，审议和批准理事会工作报告及决定其他重大事项。
　　由代表大会选举产生的理事组成的理事会是会员代表大会的执行机构，在会员代表大会闭会期间领导协会开展工作，对会员代表大会负责。理事会每年召开一次，主要职权是执行会员代表大会的决议，选举和罢免常务理事及会长、副会长、秘书长，审议和批准协会年度工作计划和工作报告，决定其他重大事项。
　　协会设常务理事会，在理事会闭会期间领导协会工作，并对理事会负责。常务理事会每半年召开一次。
　　江苏省外商投资企业协会本届（第七届）理事会共有理事176名，常务理事85名。
　　协会设会长1人负责主持协会日常工作，会长为协会的法定代表人。协会会长主要职责为：召集和主持理事会、常务理事会，组织落实会员代表大会、理事会、常务理事会决议，代表协会对外交往及签署有关重要文件。协会现任会长为吴晓晶。协会设若干名副会长，副会长协助会长工作。现任副会长24名。
　　协会还设立秘书长、副秘书长，在会长、副会长领导下处理日常事务。协会的日常办事机构为协会秘书处，在秘书长主持下开展工作，副秘书长协助秘书长工作。